穆里尼奥自返回皇马后，已经在俱乐部内部取得了显著的发言权，尤其在转会事务上更是掌握了主动权。他在与俱乐部进行谈判时，明确提出了需要参与引援决策和维护球队内部秩序的两项要求，而这两点目前看都在有效实施。经过三个月的调整，球队运作的核心已明显指向穆里尼奥，所有事务几乎都需经过他的审核与决定。这不仅是口号，更是他的工作方式。他善于倾听和征询周围的意见，同时信任身边的工作人员。
穆里尼奥的核心团队经过精心挑选，从老朋友到新引进的赫迪拉，都在他的计划之中。内部人士透露，赫迪拉已回归到领导位置，但最终的决定权依然在穆里尼奥手中，团队成员对这一点普遍感到认同。穆里尼奥的管理方式较为自然，亲和力成了他的优势，同时他也清晰划分了球队内部的层级关系。他希望能够将一切尽在掌控中，避免任何可能造成混乱的情况发生。
除了设定新规，比如重视营养、伤病恢复、守时以及集体用餐来增强团队凝聚力，他的影响力还在不断扩大。到5月底，穆里尼奥提交了一份技术报告，明确了他希望引进的球员类型，他未点名具体球员，而是描述了所需的技能和位置。球队的阵容正在向“双位置配置”的方向调整，这一变化正在逐步落实。尽管未能成功引入罗德里，但穆里尼奥对俱乐部的努力表示认可，只要他参与其中，他的声音便会被重视。例如，维尼修斯的续约和皮塔奇留在一线队，都是他影响的体现，俱乐部的运作虽最终由高层批准，但执行是双向的。
在青训管理方面，穆里尼奥也得到了发言权，年轻球员之间常常提到“听穆里尼奥的指示”。目前，年轻球员们获得了不少机会，而穆里尼奥也将决定带哪些球员在身边。他会在审阅了相关报告和自己的判断后做出决定，他所需的不是可供选择的普通球员，而是具备特定能力的球员。夏季期间，他与一批天才球员紧密合作，进一步促进了他们的发展。
训练方面，球队的强度相当高，外界普遍认为“训练量非常充足”，双训练课程成了常态，所有训练均由平图斯负责监督，此外，穆里尼奥身边的体能教练安东尼奥-迪亚斯也参与了训练。平图斯和迪亚斯正将日常训练打造为一个训练营，致力于将现有阵容的潜力发挥到极限。战术训练同样在进行中，但目前的重点明显在于体能训练，这便是新皇马在前几个月的运作特点，几乎所有的一切都需经过穆里尼奥的审批。
